菖蒲城は室町時代の中頃に築城されたといわれている。築城したのは金田式部則綱で、古河公方・足利成氏の家臣。城の完成した日が5月5日の菖蒲の節句だったので、その名がついたとも伝えられている。金田氏は宇多天皇の後裔・佐々木氏として菖蒲佐々木氏とも呼ばれている。

古河公方と対立した上杉氏と戦い、古河公方が滅びたときに北条氏に属した。のちの豊臣秀吉の小田原攻めで北条氏が滅びると、菖蒲佐々木氏も没落し城は廃城となった。

江戸時代には旗本内藤氏が知行し、その屋敷にあった裏門が移築され、現在は「城址あやめ園」となっている。